Subholding Pelindo Terminal Petikemas (SPTP) membatasi penumpukan peti kemas yang ada di lingkungan perusahaan menjadi maksimal 4 lapis akibat cuaca ekstrem.
TPK Ambon memiliki kapasitas 250.000 sampai dengan 300.000 twenty-foot equivalent per units (TEUs) dan kecepatan bongkar muats 26-36 box ship per hour (BSH).